北京市西城区环境保护局的内设机构主要包括办公室、综合法制科、项目监督科、环境监理科、污染控制科、西城区环境保护监察队、西城区环境保护监测站、西城区环保科技信息服务中心以及机动车排放管理站。
对于环境保护投诉，该局设有专门渠道，处理各类环境污染事件，特别是对重大环境污染事故进行紧急应对。管理区内污染源是另一项重要任务，环保局负责征收污染物排污费，以此维护环境秩序。同时，西城区环保局也积极进行环境教育和科技推广，通过新技术手段协助治理环境污染。
西城区环保局是西城区人民政府环境保护行政主管部门，对本辖区的环境保护工作实施统一监督管理。其主要职能包括贯彻国家和北京市环境保护的方针、政策、法律、法规；拟定和制定环境保护规划和计划，改善区域环境质量；按照审批权限；受理各类环境污染案件等。
根据级别、管辖以及各地的情况等不同，内设机构也会有所不同。
北京市环境保护局下设多个区县环保机构，以确保北京市的环境保护工作得到有效实施。
1、北京市环境保护局的机构设置包括多个部门，各自承担着不同的职责：办公室（研究室）：负责机关政务，包括文电处理、会务、机要事务、档案管理、信息管理、信访、议案建议、安全保密、政府信息公开，以及组织重要事项和文稿起草，进行环境保护政策研究和重大课题调查，分析环境形势，参与地方志编纂。
2、北京市环境保护局直属多个单位，各司其职，共同维护首都的生态环境。北京市环保监察队主要负责环保法律执行、排污申报、应急工作、环境问题调查处理以及指导区县监察工作，同时承担市环保局的其他任务。
3、北京市西城区环境保护局的内设机构主要包括办公室、综合法制科、项目监督科、环境监理科、污染控制科、西城区环境保护监察队、西城区环境保护监测站、西城区环保科技信息服务中心以及机动车排放管理站。
4、污染控制部门、环境监测部门、生态保护部门、环境规划部门以及宣传教育部门。污染控制部门 污染控制部门是环保局的核心部门之一，主要负责制定和实施污染控制政策，监管污染物排放，处理环境污染事件。该部门还负责审批和管理排污许可证，确保企业或个人在生产和生活中遵守环保法规，减少污染物排放。
北京市环境保护监测中心是一个规模可观的科研机构，其占地总面积达到15000平方米，其中核心设施——监测实验大楼占地9300平方米。这里配备了尖端的监测科研设备，包括微脉冲激光雷达、MODIS卫星接受仪等，这些都是进行环境质量监测的关键工具。
监测中心占地面积15000平方米，其中监测实验大楼面积9300平方米。拥有先进的监测科研仪器设备，主要包括微脉冲激光雷达、MODIS卫星接受仪、等离子发射光谱－质谱联用仪、X荧光光谱仪、高压液相色谱－质谱联用仪、气相色谱－质谱联用仪、颗粒物粒径分布谱仪、差分吸收光谱分析仪等监测仪器设备。
监测中心现有在职人员139人，共设置12个科室，分别为：办公室、人事科、财务科、总务科、科研与项目管理室、质量管理室、综合计划室、污染源监测管理室、监测项目室、自动监测室、环境监测室、分析实验室。
北京市环境保护监测中心作为国家级环境监测站，负责环境质量监测、数据管理、污染源监测，为环境法规执行提供技术支持，同时具备全面的环境检测能力。辐射安全技术中心则专注于辐射安全监测与技术支持，固体废物管理中心负责全市固体废物的监督管理，而宣传教育中心则致力于环保知识的传播和公众参与。
华环（北京）环境监测有限公司主体实验室是国内环境科学与工程领域规模最大的联合实验室之一 ，是具有法律效力的权威第三方检验研究机构。
